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據中國之聲《新聞縱橫》報道，震后第五天，防疫也成為工作重點。
昨天一早，昭通市永善縣疾控中心工作人員，背著消毒片和噴灑設備，徒步往龍頭山鎮八寶村前進：
記者：主要就是通過消毒片溶解到水里噴？
疾控人員：對，按一定濃度。
對于災區的衛生防疫來說，部分道路不通依然是難點，消毒片和噴灑設備基本要靠人力帶進村去。云南魯甸“803”地震災區疾病防控聯合工作組指揮部總隊長、魯甸縣疾控中心主任阮林說，目前，大量的疾控工作人員已經派駐到龍頭山各村，并把藥品帶了進去，接下來，工作的重點，將是傳染病防治：
阮林：我們主要是針對控制傳染病，特別是這個熱天，最容易發生腸道傳染病，腸道傳染病現在是我們最大的威脅，其他傳染病要發生不太容易，因為我們免疫規劃基礎還是很好的，腸道傳染病免疫規劃里也沒有專門的疫苗免費接種，特別是地震以后，整個水質是破壞的。
中國疾控中心傳染病所副所長闞飚說，目前正在努力尋找新的水源：
闞飚：水廠準備再添加些新的設備進行凈化處理，然后給百姓再用。然后也告訴老百姓，一定要煮開了喝，大家喝水還是用礦泉水。
除此之外，垃圾處理目前也面臨考驗。
闞飚：在鎮上，有幾個學校還有其他一些有些集中的、固定的廁所，還可以用，但它的清理成了問題。還有一個就是災民安置點。在相對集中的地方，廁所基本上衛生保障還是能夠做到的，但是散的地方也是一個問題，現在還需要時間、人員、物力來組織這一塊工作。
云南省疾控中心副主任趙世文表示，將繼續推進衛生防疫工作，堅持國家疫情網絡報告系統要求，將每天的疫情報告及時上報。
